Lessons learned from the implementation of integrated serosurveillance of communicable diseases in the Americas / Enseñanzas obtenidas en la aplicación de la serovigilancia integrada de las enfermedades transmisibles en la Región de las Américas / Lições aprendidas com a implementação da vigilância sorológica integrada de doenças transmissíveis nas Américas

ABSTRACT Objective. Systematize the experience and identify challenges and lessons learned in the implementation of an initiative for integrated serosurveillance of communicable diseases using a multiplex bead assay in countries of the Americas. Methods. Documents produced in the initiative were compiled and reviewed. These included concept notes, internal working papers, regional meetings reports, and survey protocols from the three participating countries (Mexico, Paraguay, and Brazil) and two additional countries (Guyana and Guatemala) where serology for several communicable diseases was included in neglected tropical diseases surveys. Information was extracted and summarized to describe the experience and the most relevant challenges and lessons learned. Results. Implementing integrated serosurveys requires interprogrammatic and interdisciplinary work teams for the design of survey protocols to respond to key programmatic questions aligned to the needs of the countries. Valid laboratory results are critical and rely on the standardized installment and roll-out of laboratory techniques. Field teams require adequate training and supervision to properly implement survey procedures. The analysis and interpretation of serosurveys results should be antigen-specific, contextualizing the responses for each disease, and triangulated with programmatic and epidemiological data for making decisions tailored to specific population socioeconomic and ecologic contexts. Conclusions. Integrated serosurveillance as a complementary tool for functional epidemiological surveillance systems is feasible to use and key components should be considered: political engagement, technical engagement, and integrated planning. Aspects such as designing the protocol, selecting target populations and diseases, laboratory capacities, anticipating the capacities to analyze and interpret complex data, and how to use it are key.

Resumen Objetivo. Sistematizar la experiencia y determinar los desafíos y las enseñanzas obtenidas durante la aplicación de una iniciativa de serovigilancia integrada de enfermedades transmisibles mediante un ensayo de perlas múltiples en países de la Región de las Américas. Métodos. Se recopilaron y revisaron los documentos generados en el marco de la iniciativa. Estos incluían notas conceptuales, documentos de trabajo internos, informes de reuniones regionales y protocolos de encuesta de los tres países participantes (Brasil, México y Paraguay) y otros dos países (Guatemala y Guyana) donde en las encuestas sobre enfermedades tropicales desatendidas también se incluía la serología para varias enfermedades transmisibles. Se recabó y resumió la información para describir tanto la experiencia como los desafíos y las enseñanzas de mayor relevancia. Resultados. La realización de encuestas serológicas integradas requiere equipos de trabajo interprogramáticos e interdisciplinarios para la elaboración de protocolos de encuesta que permitan responder a cuestiones programáticas fundamentales y ajustadas a las necesidades de los países. Es imprescindible contar con resultados de laboratorio válidos, para lo que es preciso que sus técnicas e instalaciones estén estandarizadas. Para que los equipos de campo puedan ejecutar correctamente los procedimientos de la encuesta, deben contar con una formación y supervisión adecuadas. El análisis y la interpretación de los resultados de las encuestas serológicas deben ser específicos para cada antígeno, situar las respuestas en el contexto de cada enfermedad y triangularse con los datos programáticos y epidemiológicos para tomar decisiones adaptadas a los contextos socioeconómicos y ecológicos específicos de la población. Conclusiones. Es uso de la vigilancia serológica integrada como una herramienta complementaria en los sistemas funcionales de vigilancia epidemiológica es algo posible; para esto deben tenerse en cuenta ciertos elementos fundamentales: el compromiso político, el compromiso técnico y la planificación integrada. A tal efecto, son fundamentales ciertos elementos como el diseño del protocolo, la selección de los grupos poblacionales y las enfermedades objetivo, la capacidad de los laboratorios, y la previsión de las capacidades de análisis e interpretación de datos complejos y la forma de utilizarlos.

RESUMO Objetivo. Sistematizar a experiência e identificar desafios e lições aprendidas na implementação de uma iniciativa de vigilância sorológica integrada de doenças transmissíveis, usando ensaio de micro-esferas multiplex em países das Américas. Métodos. Os documentos produzidos na iniciativa foram compilados e examinados, e incluíram notas conceituais, documentos internos de trabalho, relatórios de reuniões regionais e protocolos de pesquisa dos três países participantes (México, Paraguai e Brasil) e de dois países adicionais (Guiana e Guatemala), onde a vigilância sorológica de várias doenças transmissíveis foi incluída em pesquisas sobre doenças tropicais negligenciadas. As informações foram extraídas e resumidas para descrever a experiência e os desafios e as lições aprendidas mais relevantes. Resultados. A implementação de inquéritos sorológicos integrados requer equipes de trabalho interprogramáticas e interdisciplinares para o delineamento de protocolos que respondam a questões programáticas chave, alinhadas com as necessidades dos países. Resultados laboratoriais válidos são essenciais, e dependem da instalação e implantação padronizadas de técnicas laboratoriais. As equipes de campo precisam de treinamento e supervisão apropriados para implementar adequadamente os procedimentos de pesquisa. A análise e a interpretação dos resultados dos inquéritos sorológicos devem ser antígeno-específicas, contextualizando as respostas para cada doença, e trianguladas com dados programáticos e epidemiológicos para a tomada de decisões adaptadas aos contextos socioeconômicos e ecológicos específicos de cada população. Conclusões. A vigilância sorológica integrada como ferramenta complementar para sistemas de vigilância epidemiológica funcionais é viável. Os componentes-chave a seguir devem ser considerados: engajamento político, engajamento técnico e planejamento integrado. Aspectos como o delineamento do protocolo, a seleção de populações-alvo e doenças-alvo, a capacidade laboratorial, a previsão das capacidades para análise e interpretação de dados complexos e como usá-los são fundamentais.

Characterisation of a rare, reassortant human G10P[14] rotavirus strain detected in Honduras

BACKGROUND Although first detected in animals, the rare rotavirus strain G10P[14] has been sporadically detected in humans in Slovenia, Thailand, United Kingdom and Australia among other countries. Earlier studies suggest that the strains found in humans resulted from interspecies transmission and reassortment between human and bovine rotavirus strains. OBJECTIVES In this study, a G10P[14] rotavirus genotype detected in a human stool sample in Honduras during the 2010-2011 rotavirus season, from an unvaccinated 30-month old boy who reported at the hospital with severe diarrhea and vomiting, was characterised to determine the possible evolutionary origin of the rare strain. METHODS For the sample detected as G10P[14], 10% suspension was prepared and used for RNA extraction and sequence independent amplification. The amplicons were sequenced by next-generation sequencing using the Illumina MiSeq 150 paired end method. The sequence reads were analysed using CLC Genomics Workbench 6.0 and phylogenetic trees were constructed using PhyML version 3.0. FINDINGS The next generation sequencing and phylogenetic analyses of the 11-segmented genome of the G10P[14] strain allowed classification as G10-P[14]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E2-H3. Six of the genes (VP1, VP2, VP3, VP6, NSP2 and NSP4) were DS-1-like. NSP1 and NSP5 were AU-1-like and NSP3 was T6, which suggests that multiple reassortment events occurred in the evolution of the strain. The phylogenetic analyses and genetic distance calculations showed that the VP7, VP4, VP6, VP1, VP3, NSP1, NSP3 and NSP4 genes clustered predominantly with bovine strains. NSP2 and VP2 genes were most closely related to simian and human strains, respectively, and NSP5 was most closely related to a rhesus strain. MAIN CONCLUSIONS The genetic characterisation of the G10P[14] strain from Honduras suggests that its genome resulted from multiple reassortment events which were possibly mediated through interspecies transmissions.

The path towards polio eradication over 40 years of the Expanded Program on Immunization in the Americas / El camino hacia la erradicación de la poliomielitis en los 40 años del Programa Ampliado de Inmunización en la Región de las Américas / Trajetória da erradicação da poliomielite ao longo dos 40 anos do Programa Ampliado de Imunização nas Américas

SUMMARY This article synthesizes the important lessons learned from polio eradication in the Region of the Americas, including initial and more recent challenges and best practices, as well as particular factors surrounding attainment of this ambitious goal. Using documents, interviews, and country surveys, the authors describe and analyze the strategies and lessons learned during the 40 years of the Expanded Program on Immunization (1977 - 2017). Some major milestones and challenges specifically covered are: the Vaccine-derived Poliovirus (VDPV) outbreak in the Dominican Republic; the regional "mop-up operation;" poliovirus containment in essential facilities; the unprecedented introduction of inactivated polio vaccine (IPV); the synchronized switch from trivalent to bivalent OPV; and the countries' unfailing commitment to the cause.

RESUMEN En este artículo se sintetizan las importantes enseñanzas extraídas de la erradicación de la poliomielitis en la Región de las Américas. Se presta especial atención a los retos y las mejores prácticas que se abordaron en un principio y a los más recientes, así como a los factores particulares que han girado en torno al logro de esta meta de gran alcance. Por medio de documentos, entrevistas y encuestas nacionales, las autoras describen y analizan las estrategias y enseñanzas extraídas a lo largo de los 40 años del Programa Ampliado de Inmunización (1977-2017). Entre los hitos y retos más importantes que se abordan en el artículo se encuentran los siguientes: el brote del poliovirus derivado de la vacuna en la República Dominicana; la campaña de vacunación "de seguimiento" a nivel regional; la contención del poliovirus en las instalaciones esenciales; la introducción sin precedentes de la vacuna antipoliomielítica con virus inactivados (VPI); el cambio sincronizado de la vacuna antipoliomielítica oral trivalente por la vacuna antipoliomielítica oral bivalente (conocido como "el switch"); y el compromiso inquebrantable de los países con esta causa.

RESUMO Este artigo sintetiza os principais ensinamentos da erradicação da poliomielite na Região das Américas, expondo as dificuldades enfrentadas ao início e em um período mais recente, as boas práticas e os fatores inerentes relacionados ao alcance desta meta ambiciosa. A partir de documentos, entrevistas e levantamentos nos países, os autores descrevem e analisam as estratégias empregadas e a experiência obtida ao longo dos 40 anos do Programa Ampliado de Imunização (1977-2017). Entre os marcos e os desafios importantes abordados estão: o surto por vírus da poliomielite derivado da vacina (VDPV) na República Dominicana, a operação regional de "acabamento", a contenção do poliovírus em laboratório, a introdução inédita da vacina contra poliomielite com vírus inativado (VPI), a transição sincronizada da vacina oral contra poliomielite trivalente à bivalente e o firme compromisso dos países com a causa.

Seroprevalencia de anticuerpos a virus del sarampión, rubeola, parotiditis, hepatitis B y los tres serotipos de poliovirus, en niños de Quindío, Colombia / Seroprevalence of antibodies to measles, rubella, mumps, hepatitis B viruses and all three poliovirus serotypes among children in Quindío, Colombia

Objetivo Determinar la seroprevalencia de anticuerpos a virus de sarampión, rubeola, parotiditis, hepatitis B y los tres serotipos de poliovirus en población infantil del Departamento del Quindío, Colombia. Métodos Se colectaron muestras de sangre de 170 niños en edades comprendidas entre los cinco y nueve años de nueve departamentos del Quindío. Se determinó la presencia de anticuerpos tipo IgG para sarampión, rubeola y parotiditis mediante un ELISA indirecto comercial. La inmunidad contra la poliomielitis se determinó por la presencia de anticuerpos neutralizantes a poliovirus según los métodos recomendados por OMS. Resultados De los 170 niños estudiados, 169 (99,41 %), 170 (100 %), and 167 (98,2 %) fueron seropositivos a poliovirus 1, poliovirus 2, y poliovirus 3, respectivamente. El título promedio geométrico de anticuerpos fue 178 para poliovirus tipo 1, 120 para el tipo 2 y 56 para el tipo 3. De los 170 niños, el 96,47 % estuvo protegido contra parotiditis y rubeola y el 86,47 % contra sarampión. Se demostró respuesta serológica positiva contra el virus de la hepatitis B solamente en el 62,35 % de las muestras. Conclusiones El programa de inmunización en el Quindío permitió la seroprotección contra los tres serotipos de la polio, rubeola y parotiditis. Sin embargo, la población infantil no está completamente protegida contra la infección con sarampión y virus de la hepatitis B.(AU)

Objective The main goal of this research was to assess the seroprevalence of antibodies against measles, rubella, mumps, hepatitis B and all three poliovirus serotypes among children in the Quindío Department, Colombia. Methods Blood samples were obtained from 170 healthy children aged 5-9 years from nine municipalities in Quindío. The presence of serum IgG antibodies against measles, rubella, mumps and Hepatitis B were determined using commercial indirect ELISA kits. Immunity to poliomyelitis was assessed through the presence of neutralizing antibodies following the method recommended by the World Health Organization. Results Among the 170 children enrolled, 169 (99.41%), 170 (100 %), and 167 (98.2 %) were seropositive to poliovirus 1, poliovirus 2, and poliovirus 3, respectively. The average reciprocal antibody titers were 178 for poliovirus type 1, 120 for type 2 and 56 for type 3. Of the 170 children, 96.47 % were protected against mumps and rubella, and 86.47 % against measles. Only 106 (62.35 %) of the studied subjects were proved to be seropositive to hepatitis B. Conclusion The immunization program in Quindío has provided seroprotection against all three poliomyelitis serotypes, rubella and mumps. However, the child population is not fully protected against measles and hepatitis B virus infections.(AU)

Human respiratory syncytial virus and metapneumovirus in patients with acute respiratory infection in Colombia, 2000 - 2011 / Virus sincitial respiratorio y metapneumovirus humano en pacientes con infección respiratoria aguda en Colombia, 2000 - 2011

OBJECTIVE: To describe the epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) in Colombia from 2000 - 2011, including seasonal trends. METHODS: Nasopharyngeal aspirates and/or throat swabs from 14 870 patients with acute respiratory infections (ARI) were studied. Two subgroups were analyzed using molecular biology techniques. The first consisted of 264 RSV indirect fluorescence assay (IFA)-positive samples, the second of 264 RSV IFA-negative samples. RSV and hMPV were detected using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). RESULTS: 2 799 samples (18.8%) contained a respiratory virus. RSV was detected by IFA in 1 333 samples (8.9%). RSV was detected by RT-PCR in 192 samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 25 samples from the RSV IFA-negative subgroup. hMPV was detected in eight samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 11 samples from the RSV IFA-negative subgroup. Among the RSV infections, subtype A was dominant in two-year intervals, subtype B was dominant in one-year intervals. 85.3% of RSV and 74% of hMPV infections occurred in children younger than 5 years old. RSV and hMPV infections were associated with rainy seasons. Co-infection with RSV A and RSV B was detected in two patients. Five cases of co-infection with RSV and hMPV were detected. CONCLUSIONS: This report is the first to examine the epidemiology of ARIs in Colombia, with an emphasis on RSV and hMPV. The samples studied here were obtained over a 12-year period and represent all age groups and both genders.

OBJETIVO: Describir la epidemiología y tendencias estacionales del virus sincitial respiratorio (VSR) y metapneumovirus humano (MPVh) en Colombia durante el período 2000 - 2011. MÉTODOS: Se recolectaron aspirados nasofaríngeos o hisopados faríngeos de 14 870 pacientes con infección respiratoria aguda. Se analizaron dos subgrupos por técnicas de biología molecular. El primero estuvo compuesto por 264 muestras positivas para el VSR por inmunofluorescencia indirecta (IFI), y el segundo estuvo compuesto por 264 muestras negativas para el VSR por IFI. La técnica utilizada para la detección del VSR y el MPVh en ambos subgrupos fue la transcripción inversa asociada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). RESULTADOS: 2 799 muestras (18,8%) contenían algún virus respiratorio. Se detectó VSR por IFI en 1 333 muestras (8,9%), e igualmente fue detectado por RT-PCR en 192 muestras en el subgrupo de muestras positivas para el VSR por IFI y en 25 muestras en el subgrupo de muestras negativas para el VSR por IFI. Se detectó MPVh en 8 muestras en el subgrupo de muestras positivas para el VSR por IFI, y en 11 muestras en el subgrupo de muestras negativas para el VSR por IFI. De las infecciones causadas por el VSR, el subtipo A fue dominante en períodos bianuales; en contraste, el subtipo B fue dominante en períodos anuales. El 85,3% de las infecciones por el VSR y 74% de las infecciones por el MPVh ocurrieron en niños menores de 5 años de edad. Las infecciones causadas por el VSR y el MPVh se asociaron con las estaciones de lluvia. Se encontró coinfección con VSR A y VSR B en 2 pacientes, y coinfección con VSR y MPVh en 5 pacientes. CONCLUSIONES: Esta investigación es la primera en estudiar la epidemiología de las infecciones respiratorias agudas en Colombia, con énfasis en las causadas por el VSR y el MPVh. Las muestras estudiadas fueron recolectadas durante un período de 12 años y representan todos los grupos etarios de ambos sexos.

Evaluación de la seroconversión como respuesta a la vacunación antirrábica en perros en el departamento del Valle del Cauca, Colombia, 2009 / Evaluation of the seroconversion as a response to rabies vaccination in dogs, Valle del Cauca, Colombia, 2009

Introducción. El departamento del Valle del Cauca ha estado libre de rabia canina por más de 20 años, aunque persisten focos de rabia silvestre que amenazan a humanos y sus mascotas; por ello, como medida preventiva. se realizan anualmente campañas de vacunación antirrábica canina. Objetivos. Medir el impacto de la vacunación en términos de seroconversión de anticuerpos neutralizadores y de porcentaje de perros con respuesta inmunitaria humoral adecuada, relacionando variables propias de estos animales y de las condiciones de vacunación. Discutir el significado epidemiológico de los resultados y sus implicaciones en salud pública. Materiales y métodos. Se obtuvo suero e información de 569 perros vacunados en los 42 municipios de Valle del Cauca. La inmunidad humoral se investigó por ELISA cuantitativa. La información se analizó con el programa Epi-Info 6.0. Resultados. El 9,1 % de los perros de la muestra fueron seronegativos y el 25,1 % no evidenciaron respuesta inmunitaria humoral adecuada a la vacunación. La concentración de anticuerpos disminuyó gradualmente desde la aplicación de la vacuna, y estuvo asociada a edad y calidad de las vacunas, aunque no estuvo asociada a sexo ni a raza. Conclusiones. Con el fin de aumentar los porcentajes de perros seropositivos y con respuesta inmunitaria humoral adecuada, se hacen las siguientes recomendaciones: 1) utilizar vacunas antirrábicas viables;2) aplicar dos dosis de vacuna durante los primeros seis meses de vida de los cachorros; 3) aplicar refuerzos de vacuna, por lo menos, una vez al año; 4) que las autoridades vigilen las actividades y los procesos programáticos relacionados con la vacunación antirrábica por particulares.

Introduction. The province of Valle del Cauca has been free of dog rabies for more than 20 years. However, sylvatic rabies foci remain which are threats to the health of the populace and its pets. Rabies vaccination campaigns are carried out annually in all 42 counties of the province. Objectives. The impact of dog vaccination was evaluated on the basis of humoral immunoresponse, population parameters and correlation with variables inherent to the vaccination process and logistics. Materials and methods. Sera and associated data were obtained from each of the 42 counties for a total sample of 569 rabies-vaccinated dogs. Rabies neutralizing antibodies were measured by quantitative ELISA. The data were analyzed with the statistical programs in Epi-Info 6.0. Results. Nearly 10% of dogs were seronegative (9.1%) and an additional 25.1% did not elicit an adequate humoral immune response to vaccination. Concentration of rabies neutralizing antibodies diminished gradually with the time after vaccination and was correlated with dog age and vaccine quality. No associations were noted between dog gender or breed. Conclusions. These data permit the following recommendations: (1) only viable, non expired rabies vaccines must be used to immunize animals, (2) two doses of rabies vaccine must be applied during the first six months of dog life, (3) booster immunizations must be administered every year, (4) practices and processes related to rabies vaccination in private institutions must inspected regularly by health authorities.

Detección de hepatitis B oculta en donantes de bancos sangre, Colombia 2008-2009 / Absence of occult hepatitis B in Colombian blood donors

Introducción. En los bancos de sangre colombianos es obligatoria la tamización para el antígeno de superficie de la hepatitis B en todas las unidades recolectadas, mientras que no lo es para el anticuerpo contra el antígeno central, aunque este último puede ser útil para detectar donantes infectados con el virus de hepatitis B. Objetivo. Determinar la prevalencia de hepatitis B oculta, mediante la aplicación de un perfil serológico completo para el virus de la hepatitis B y pruebas de amplificación de ácidos nucleicos, en donantes de sangre de cuatro ciudades colombianas. Materiales y métodos. Entre abril de 2008 y octubre de 2009 se llevó a cabo un estudio prospectivo transversal que incluyó 628 muestras de donantes de cuatro bancos de sangre, ubicados en ciudades colombianas que registran distintas prevalencias para infección por el virus de la hepatitis B. Se hizo la tamización serológica completa para el virus y, posteriormente, pruebas de amplificación de ácidos nucleicos a los sueros con anti-HBc total reactivo y título de anti-HBs ≤30 mUI/ml. Resultados. En total, 129 muestras cumplieron con los criterios serológicos establecidos para ser sometidas a pruebas de amplificación de ácidos nucleicos. En ninguna de ellas se obtuvo amplificación de ácidos nucleicos del virus de la hepatitis B. Conclusiones. Éste es el primer estudio en Colombia que busca determinar la presencia de donantes de sangre portadores de hepatitis B oculta. No se documentó ningún caso de infección oculta en elestudio.

Introduction. In Colombian blood banks, screening for the surface antigen of hepatitis B is mandatory in all units collected. Testing of antibody against core antigens is not administered, although this method may be useful to detect donors infected with the hepatitis B virus. Objective. The prevalence of occult hepatitis B was determined by applying a full-serological profile of hepatitis B virus to blood samples of blood donors. Materials and methods. Between April 2008 and October 2009, a prospective cross sectional study was conducted using 628 samples from donors to blood banks located in four Colombian cities. Prevalence for hepatitis B had been previously recorded for these cities. Serological screening was performed for the complete virus; then nucleic acid amplification was tested in sera that were anti-HB creactive and with a titer of anti-HBs ≤30 mUI/ml. Results. Of the 628 samples tested, 129 met the serological criteria established to be tested nucleic acid amplification. None of them demonstrated evidence of nucleic acid amplification of hepatitis B virus. Conclusions. This is the first study in Colombia to detect the presence of blood donors that may be occult hepatitis B carriers. None was detected.

Diagnóstico de micosis oportunistas en pacientes con VIH/sida: un estudio de casos en Colombia / Diagnosis of fungal opportunistic infections in HIV/AIDS patients: A cases study in Colombia

Objetivos. Identificar las micosis oportunistas que afectan a los pacientes con VIH/sida, y determinar sus características demográficas, socioeconómicas y su relación con el número de células T CD4+. Métodos. Se trata de un estudio descriptivo de serie de casos basado en los participantes de un estudio diseñado para determinar el tipo y la frecuencia de las enfermedades oportunistas en pacientes con VIH/sida. Un caso se definió como un paciente con VIH/sida a quien se le diagnosticó una micosis oportunista, entre octubre de 2007 y mayo de 2010. Los pacientes elegibles estaban siendo tratados en dos instituciones médicas de Bogotá. Se recolectaron muestras respiratorias, de líquido cefalorraquídeo, de sangre y de raspado de lesión orofaríngea, para determinar la presencia de Histoplasma capsulatum, Paracoccidioides brasiliensis, Cryptococcus neoformans o Candida spp. Se utilizaron proporciones para resumir las variables cualitativas y medianas para las cuantitativas. Resultados. En 33 (9,8 %) pacientes con VIH/sida del estudio base (n=336), se diagnosticó una o más de las micosis evaluadas. El 75 % tenía entre 23 y 42 años. La frecuencia de estas infecciones fueron: H. capsulatum (n=1; 3,0 %), P. brasiliensis (n=1; 3,0 %), C. neoformans (n=25; 75,8 %), y Cándida spp. (n=7; 21,2 %). Los valores medianos de células T CD4+ fueron de 176 o menos, independientemente de sus manifestaciones clínicas. Conclusión. Se necesitan estudios adicionales para identificar los factores que podrían estar determinando la presencia de las micosis oportunistas en estos pacientes.

Objectives: To identify the opportunistic fungal infections affecting patients with HIV/AIDS, to determine their demographic and socioeconomic characteristics and the number of CD4+ T cells. Materials and methods: This is a descriptive case series study based on a major study aimed at determining the type and frequency of opportunistic diseases in HIV/AIDS patients. A case was defined as an HIV/AIDS patient who had evidence of fungal infection at baseline. Eligible patients were being treated at two clinical institutions located in Bogotá, Colombia, between October 2007 and May 2010. Respiratory, cerebrospinal fluid and blood samples and scrapping/swabs of oral lesions were collected in order to determine the presence of Histoplasma capsulatum, Paracoccidioides brasiliensis, Cryptococcus neoformans or Candida spp. Proportions were used for qualitative variables and medians for quantitative variables. Results: Overall, 33 (10,2%) patients were diagnosed as having one or more of the evaluated fungal infections , out of 336. Seventy five per cent of them were between the ages of 23 and 42. The frequencies of these fungal infections were: H. capsulatum (n=1; 3.0%), P. brasiliensis (n=1; 3.0%), C. neoformans (n=25; 75.8%), and Candida spp. (n=7; 21.2%). The median values of CD4+ T cells were 176 or less, independently of clinical manifestations. Conclusion: Further studies are required to identify factors contributing to the presence of fungal opportunistic infections in these patients.

Análisis descriptivo de las primeras muertes por influenza pandémica (H1N1) 2009 en Colombia / Descriptive analysis of the first deaths for pandemic influenza (H1N1) 2009 in Colombia

Objetivo: Describir las características demográficas, clínicas y epidemiológicas de los pacientes que han fallecido por la nueva gripe pandémica (A H1N1) 2009 en Colombia hasta el 30 de julio de 2009. Materiales y métodos: Éste es un estudio descriptivo. La fuente de información primaria fue el Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública. Las muestras respiratorias se recolectaron por medio de hisopado faríngeo y se analizaron con pruebas de PCR específicas (rRT-PCR) o secuenciación genética. En algunos casos fatales, se requirieron muestras de tejido pulmonar, traqueal o bronquial para confirmar el diagnóstico. Las variables cualitativas se resumen con proporciones y las cuantitativas, con medias aritméticas. Resultados: Hasta el 30 de julio, se habían presentado 16 muertes confirmadas por laboratorio, en pacientes infectados con el nuevo virus pandémico. De éstas, 9 eran mujeres y 15 estaban hospitalizados. El lugar de residencia más frecuente de los casos fatales era Bogotá y la edad media al fallecimiento era de 28,1 años. La dificultad respiratoria, la fiebre y la tos fueron síntomas presentes en todos los pacientes. Una mujer de 27 años estaba embarazada. Conclusiones: Los hallazgos en los pacientes colombianos fallecidos son similares a lo informado en otros países. Se necesitan nuevos estudios para reconocer los factores que incrementan el riesgo de fallecer por esta enfermedad en nuestro país.

Objective: To describe the demographic, clinical and epidemiologic characteristics of fatal cases in pandemic influenza A(H1N1) patients reported in Colombia by July 30, 2009. Materials and methods: This is a descriptive study. The primary source of information was the National System of Public Health Surveillance (SIVIGILA). Respiratory samples were gathered using throat swabs and analyzed with PCR specific tests (rRT-PCR) or genetic sequencing. In some of the fatal cases, lung, trachea and bronchia tissue samples were required to confirm the diagnosis. Qualitative variables were summarized using ratios and quantitative variables using arithmetic means. Results: By July 30, 16 deaths in patients infected by the new pandemic virus had been confirmed by laboratories. Out of these, nine were women and 15 had been hospitalized. The most frequent domicile among the fatal cases was Bogotá, and the mean age at death was 28.1. Shortness of breath, fever and cough were clinical manifestations present in all of the fatal cases. A 27 years-old woman who died was pregnant. Conclusions: The findings from deceased Colombian patients are similar to those reported in other countries. Further studies are required in order to determine the factors that increase risk of death from this disease in our country.